El sobresalto que causó en Anna el terremoto con epicentro en Montesa, de 1748, hizo que sus vecinos abandonaran precipitadamente sus casas, arruinadas. Pasaron a habitar durante semanas en los corrales y eras en medio de los cuales se alzaría esta ermita. Los fieles se aclamaron al Santísimo Cristo (ya venerado en una capilla lateral de la iglesia desde antes de 1703), para que la providencia no les castigara con nuevas catástrofes, y le prometieron la ermita, concluida hacia 1760. En 1761 ya consta de la celebración de una eucaristía en ella y hay constancia documental, de 1768, de la existencia del Calvario adyacente. La gente conocía popularmente la talla de la ermita como Cristo del Calvario, aunque el cabildo municipal y el clero aprobaron oficialmente, en 1796, que se le rindiese culto bajo la advocación de la Penitencia. Con tal título, pues, se bendijo una campana y se colocó en la espadaña del edificio en 1804. Desde los primeros tiempos, la ermita estuvo servida por un ermitaño que pedía limosna por la villa y alrededores en tiempos de cosecha y en los días de fiesta.
El edificio es de un barroco sencillo y austero: planta de cruz latina, con cúpula sobre el crucero cubierta a cuatro vertientes, y fachada coronada por una sencilla espadaña, de una sola campana. La simetría del hastial se ve reforzada por las molduras superpuestas de tres tímpanos: el de la puerta, el de la ventana y el de la espadaña, dispuestos en época contemporánea. En la fachada lateral se observa un reloj solar típicamente valenciano, y en el interior, piezas repujadas en cobre de un gran patetismo; además de dos figuras inspiradas en obras de Rafael y de Rubens.
En 1881 de construyó el altar mayor, donde se venera al Cristo, colocándose dos lámparas plateadas a ambos lados, y se bendijo una campana nueva. Más adelante, en 1925, se construyeron los casalicios que hubo en el calvario hasta 1990, en sustitución de las antiguas cruces. Y en 1926 unos particulares costearon, en el interior de la ermita, la colocación del zócalo de azulejos azules. Destruidas la ermita y la imagen del Cristo en 1936, se rehízo esta en 1939 y se colocó la campana actual en 1940. El 1978 se derribó la ruinosa casa del ermitaño, aneja al edificio, y se restauró todo el conjunto en 1990: reposición de pavimento, nueva decoración y adecentamiento, etc.
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