Im Jahr 1521 wurde die vormalige Moschee von Bolbaite als Kirche geweiht. Aufgrund der Rebellion der Bruderschaften (germaníes) der Zünfte in Valencia ging die Verwaltung des Gotteshauses 1525 nach Chella über. Doch 1535 trennte sich die Pfarrei Bolbaite unter der Leitung des wenige Jahre früher, 1519, kanonisierten Franziskus von Paula wieder von Chella. Bei seinem Besuch vor Ort im Jahr 1574 erinnerte der Erzbischof von Valencia und Patriarch Juan de Ribera den Herrn der Baronie, Jeroni II de Cabanyelles alias Vila-rasa, an den mangelhaften Zustand des Gotteshauses. So errichtete und schmückte man die Kirche neu und stellte dem Pfarrer ein Klosterhaus zur Verfügung (1580 bis 1590). Im Gegenzug verlieh die Kirche dem seinerzeit wirkenden und den nachfolgenden Herren von Bolbaite das Recht, die Pfarrer dieser Gemeinde zu ernennen.
Vom Jahr 1612 an war die alte Kirche zunächst noch hinreichend groß, um die alten und neu hinzugekommen Gläubigen aufzunehmen, aber das enorme Wachstum von Bolbaite im 18. Jahrhundert erforderte einen Neubau. So entstand bei den 1780 begonnenen Bauarbeiten ein klassizistisches Kirchenschiff mit Seitenkapellen zwischen den Strebewerken und einer Tonnengewölbe-Decke in fünf Abschnitten. Beiderseits des Altarraums sind die Stirnseiten mit Nischen ausgeführt und beherbergen die Sakristei und die Kommunionkapelle. Am Sockel und in den Ecken ist das Mauerwerk mit Quadersteinen verstärkt und die Fassade ist mit Stuck verputzt. Ihr Profil kombiniert unterschiedliche Konturen und ist von Zinnen gekrönt. In der Mitte der Fassade ist eine Art spätbarocker Altaraufsatz angebracht, der durch seine ausgeprägte Symmetrie und seine elegante Gestaltung gefällt: eine von Pfeilern mit Kompositkapitellen eingerahmte Tür, die obere Nische mit einer Skulptur des heiligen Namenspatrons der Kirche, ein von gewölbten Simsen umrahmtes Fenster und für das 18. Jahrhundert typische Zinnen in Form von Schirmkuppeln. Halb verborgen hinter der Fassade erhebt sich an der linken Seite der Glockenturm.
Im Innenraum des Gotteshauses unterstreicht das Weiß der Wände die kannelierten (gerillten) und vergoldeten Pfeiler der Seitenkapellen mit ihren Kompositkapitellen. Hängekuppeln überspannen die Seitenkapellen, die neben anderen Abbildern auch den Cristo del Amparo (Christus des Schutzes) zeigen. Eine Statue des heiligen Franziskus beherrscht das Innere der großen Mauernische (die 1936 zerstörte Originalstatue stammte vom Bildhauer Nicolás de Bussi). Fresken des Malers Salvador Pallás aus Chella verzieren den Bogen und geben Szenen aus dem Leben des hl. Franziskus von Paula wieder. Enrique und Bartolomé Casoval restaurierten diese Fresken im Jahr 1976. Die Bewohner von Bolbaite verehren den volkstümlich als „Heiligen schlechthin“ bezeichneten Franziskus sehr, und in der Sakristei ist eine geschätzte Reliquie von ihm aufbewahrt. Der Glockenturm ist als rechteckiges Prisma ausgeführt, mit einfachem Gesims aus Kalkstein versehen und an den Spitzen mit Kugeln gekrönt. Strebebögen tragen die achteckige Dachlaterne. Hier befindet sich die große, Franziskus von Paula und der hl. Barbara gewidmete Glocke von 1851. Die mittlere Glocke, eine Arbeit der Brüder Portilla, wurde 1996 zu Ehren des Cristo del Amparo angebracht und die dritte, kleinere Glocke ist ein Werk des Gießers Manuel Roses, genannt el Joaquín, und stammt aus dem Jahr 1942.