En època musulmana, Chella era una alqueria que Jaume I va donar a Pere Dovit, encara que més tard es va reintegrar a la corona. El 1341, el rei la va cedir a Tomàs de Ulmis, del qual va passar el 1356 al comte de Dènia i després al ducat de Gandia. El 1611, Carles de Borja va expedir carta de població, després de l’expulsió dels moriscos. Posteriorment va pertànyer al marquès de Bèlgida.
Malgrat l’existència de restes arqueològiques d’un poblat ibèric, situat a la partida dels Secans d’Amunt, així com d’una granja romana a l’actual casa de Fulgenci i de restes d’habitacles musulmans a les coves de la Penya del Turc, l’actual municipi de Chella té el seu origen en una alqueria musulmana, situada a l’actual plaça de l’Església Vella, on encara es conserva una part del mur de la mesquita amb una fornicula amb la Mare de Déu de Gràcia, patrona de la localitat. El 1244 Jaume I va conquerir la comarca i contra ell es va rebel·lar Al-Azraq, caudillo musulmà, i amb ell els habitants de Chella. Després de ser vençuts van ser expulsats, repoblan el poble amb musulmans lleials al rei. La població va ser donada en feu, successivament, a Tomàs de Ulmis, al Comte de Dènia, a Pere Escintelles i al primer duc de Gandia (Alfons el Vell), a la seva mort va passar de nou a la Corona. Durant les Germanies els moriscos de Chella van ser forçats a batejar-se i la parròquia de Bolbaite es va desmembrar de la de Chella. Amb Carles de Borja, va tornar a mans dels duquessos de Gandia i comtes d’Oliva; i el 1609 Felip III va ordenar l’expulsió dels moriscos i Chella va quedar totalment abandonada fins al 1611. Va ser llavors quan es va atorgar la carta poble i es van instal·lar nous pobladors (els Llobregat, Granero, García, Esparza, Palop, etc.).
En aquest segle creix la població a partir del casc antic; les restes del castell musulmà es queden a la part alta, avui barri de la Penya. Aquest desenvolupament es consolida al segle XVIII quan els senyors feudals ja no són els Borja, sinó els marquesos de Bèlgida. En la guerra de successió Chella deixarà de pertànyer a la governació de Xàtiva i passarà al corregiment de Montesa amb les veïnes localitats d’Anna, Enguera i Estubeny. Tots aquests pobles van ser afectats pel terratrèmol del 23 de març de 1748, que destruiria l’església vella de Chella, accelerant així la construcció de la nova (1763) d’estil neoclàssic i creu llatina, amb torre campanar d’acaballes orientades als punts cardinals i que conserva la seva primera campana, Maria de Gràcia, del 1789.